本校的创办，可以追溯至1938年，迄今已八十余载。李延青先生高瞻远瞩倡议办学，负起作育英才，培养国家栋梁的责任。幸得热心教育人士的支持及教会拨出地皮作为建校之用，本校得以创办，原名为公民学校，设址于市郊加拉文星，天主教会之一块土地上，面积约一英亩。本校草创之际只有简陋的亚答木板校舍。开学之日，学生只有十多名，教师亦仅三位。李延青先生亲自担任校长一职前后长达十五年之久。在教会与热心教育人士支持及李校长领导下，困难逐一克服，奠下承传华教薪火的扎实根基。

第二次大战期间，本校被迫停办，至1946年才宣告复校。由于战时失学儿童颇多，本校甫告复办，学生人数即激烈暴增。为解决学子骤增、课室不敷应用的问题, 教会筹备兴建校舍, 备尝艰辛, 才建立了A座两层校舍, 计课室七间及一间办公室。当时，学生人数已达二百八十多人。时代的巨轮不停地向前迈进, 亚庇也随着时日迅速发展，人口增多，入学人数也相应地上升，导致课室不敷容纳。

1963年，在岑选青神父的领导、热心人士及教友的合作之下, 本校又再兴建B座二层楼校舍, 内有七间课室、图书馆、校长办公室、教师办公室各一间的半永久校舍。本校得以发展, 岑神父居功至伟。同年本校亦由原名“公民学校”改为“善导小学”。

1979年在曾桂发校长及家长的合作下，本校在A座添建两间校舍、一个水泥篮球场、围筑学校篱笆、增设通往候车亭的走廊及成立了本校的军鼓乐队。1980年初学生人数激增，学额已达饱和，董事部决定开办下午班，以解决课室不够应用之困境。1986年本校成立第一届家协及重组新董事会，谭炳来当选为首届家协主席及董事长。1988年公善校友筹委会成立, 筹委会主席为陈玉发。1991年，第一届校友会理事终告产生，主席是林猷仟。 

本校获得家协的大力协助，发展善小，建一座候车亭；董事部兴建新食堂及抽水厕所。1988年由于校舍残旧加上白蚁蛀蚀，已被工务局列为危楼。董事开会议决，筹募经费来维修旧校舍，并委托一家控制虫蚁公司消灭蛀蚀校舍的白蚁。1988年四月假期，由董事部拨款建设第一阶段维修工程，使在建校计划完成之前，学生能继续使用现有校舍。有鉴于实际情况的需要，本校重建工作刻不容缓。当年成立了建校委员会，全面展开行动筹募建校基金。

吴定卫校长自1986年上任以来，积极推动校务，各方面都有优异的表现，校誉日隆，这都是校长与老师们的密切合作无间所带来的成果。善小的董事、家协及校友会无时无刻都给予善小财力及人力上的帮助，因此善小能顺利地进行必要的修葺工作，为莘莘学子们提供更佳的求学环境。善小当时已发展为一间拥有一千二百多人的大型学校，教职员有四十多位。1989年本校成立电脑班，供学生学习电脑,反应颇佳。

1991年，国会议员杨秋立先生热心教育，关怀华教，拨款扩建本校图书馆及遮荫凉蓬。这座冷气图书馆开放，让学生借阅书籍增广见闻。 同年，董事部有鉴于电脑可以辅助行政工作，便为校方购买了第一台电脑——286型系统及电脑桌，并鼓励教师多利用电脑，使校务更加完善。 

1994年，拿督温新财再赠送两台486型电脑给校方，使学校在行政上及老师的工作上更加便利。1995年，新校舍大蓝图获得有关当局批准，建校委员会随即成立，如火如荼进行筹备建校工作。1996年2月，吴定卫校长荣休，教育部便委派林日文校长来善导担任校长。林校长在任期间大力推行改革，把善导办得更加出色，他推崇“三园”的办学方针，三园即：花园——美化校园、校园——学生到校认真学习，常以母校为荣、乐园——热爱到学校来求学。 

1997年，林校长被调回教育部当督学，吴德成校长被调来本校，吴校长办学经验丰富，他常为学生及老师福利着想，致力改善学习和教学环境，提高学生成绩。 

1998 年，新校舍校地工程已经动工。建校基金缺乏，建校委员会无法承担建筑经费。在杨秋立州议员的协助之下，获得州政府拨款 15万令吉。学校也举行徒步筹款运动，得到州内西海岸区华小的鼎力支持，共筹得 13万余令吉。同年公善校友会也主办义卖会；建校委员会主办十大义演筹款，获得 14万余令吉。当年筹款运动频频，老师也全身投入筹款运动，大家齐心合力为善导学校的迁校工程努力。

1999年2月26日，第一期A工程承包商在工程顾问与建委会成员的见证之下，把新校舍移交给予谭炳来董事长。同月份，五年级和六年级约 400名学生迁入新校舍上课。其他的学生保留在加拉文星的旧校址上课。与此同时，建校委员会继续展开第一期B的新校舍工程。同年当时的拿督冯镇安副教育部长，也移交联邦拨款 40万令吉于建校委员会。拿督曹德安州议员也捐赠 400套学生桌椅给予学校。公善校友会为了增添新图书馆的设备，主办“落发为善小”文娱晚会，当晚落发的有邱庆洲主席、邬碧清师、吴德成校长、张千智先生、李善民校友、郑玉新先生以及林玉君校友。

2000年12月,   善导小学1B工程终于竣工。2001年1月7日新学年开课日，全体师生迁入新校舍上课，学生终于有一个更舒适的读书环境。善导小学在千禧年展开新的里程，拥有自己的校址，旧校址则归还给教会。

2001年1月18日，公善校友会资助五万余零吉设立的资料室竣工并移交予本校。同年7月，公善校友会与家教协会联合主办的义卖会目的乃为筹募学校基本设施基金，建造学生候车亭、电脑设备与首座篮球场等。7月25日，本校邀请西海岸省教育官朱菲利为本校电脑室主持开幕，全体学生开始接受电脑教育，以便能应付将来电脑科技的时代。

千禧年之后，善小的学生人数激增更甚，往年每级四班逐渐增加至每级五班；学生人数由1100人增至现今1480人。2003年，由于学生人数不断增加，课室不敷应用，图书馆被迫一分为二，一半改装为课室。

2002年12月，丹容亚路国会议员于墨斋医生拨出国会议员发展基金，为本校周会广场草地铺上水泥，为学生增添了一个活动空间。善导小学小小广场在 2003年 2月 8日新春联欢会中正式移交给善导小学。校外柏油停车场也在于墨斋国会议员的资助下在年初完成；校外长40米的候车亭也在同年竣工。2003年底，家教协会与公善校友会合资建立3间临时课室于篮球场旁边，以容纳逐年增加的学生。同时，也为广场盖上棚顶。2003年，在家教协会主席谭耀明局绅的不懈争取，最终获得丹斯里章家杰首席部长批准校旁0.81英亩的校地，以便衔接现有的草场作为一个运动场。

2004年，董事会、公善校友会、家教协会携手合作，为两排课室的中间地段建设蓬盖。自此之后，学校的任何大型活动都在这个广场进行。董事会也在当年为教职员办公室、课室走廊及前堂铺上地砖，老师和学生从此有更清洁卫生的校园环境。州政府批准的0.81英亩校地批准函件，正式由城市与房屋发展局副主席刘约章移交予天主教教会。学校操场旁的篱笆和大水沟也重新建设。2004年杪，董事会建设地下排水系统操场，2005年竣工。自此之后，学校运动会也在校内举行了。

2005年初，家教协会为本校广场地面髹上塑料质油漆，学生进行课外活动时，不 再尘土飞扬。

2006年，YB于墨斋医生拨出国会议员发展基金，在教师办公室旁的空地建一座储藏室和一个有蓬盖的活动中心，并在现有的篮球场旁增建一个篮球场，让学生有更大的活动空间。同年，本校获得一位热心家长朱悦铭先生赞助，承建一道柏油路接通校旁的高速公路，让家长更方便接送孩子。谢秋菊助理部长也捐赠100张学生桌椅予学校。同年董事会在食堂旁建设一间工人宿舍。由于学生人数一再增加，家教协会把篮球场旁的三间临时课室改装为六间课室。

2007年YB拿督于墨斋部长在老师办公室后地段建活动中心。然而由于课室严重不足，董事会只好把有关活动中心改装成3间临时课室。当时善导学校共有 10间临时课室，环境闷热恶劣，但是建设四层楼新校舍的计划还是遥遥无期。同年董事会也把第三层地段的校地，开辟成一座菜园。家教协会和公善校友主办义卖会，为学校增添第一部校车，同时也为军鼓乐队队员更换新的制服。

2008年，第二期新校舍获得州政府拨出25万令吉充作工程经费。首席部长的代表YB丘克海助理部长为新校舍主持动土礼。与此同时，州资源发展及资讯工艺部长拿督于墨斋医生，再次动用特别拨款协助兴建学校长廊凉棚，进一步提升本校基本设施。

2009年，家教协会和公善校友会携手兴建两间临时课室及一座体育储藏室。同时， 也为11间临时课室漆上地台漆。与此同时，董事会在为学校兴建一座长80尺、宽25尺的临时食堂，以应付日益增加的学生所需。大慈善家叶香云小姐亦为学校增添100张椅子，让学生受惠。在大马经济配套拨款之下，联邦教育部拨款10万令吉，供学校维修经费。

2010新学年开始，一间由家教协会增建的电脑室正式启用。该电脑室一共设有60台电脑，缓和了新学年因电脑室不足而引起的排课问题。甲必丹梁柏兴先生为该电脑室捐赠了100张椅子，并于2010年新春联欢会仪式中移交。YB拿督于墨斋部长扩建学生候车亭，让学生在上学和放学时间，有更宽敞的空间。来自ASTRO AEC频道的《我来自华小》摄影队来到学校拍摄特辑。有关特辑在2010年7月4日的电视节目中播映。

　　　2011年，善导学生人数已高达1747名，原有的校内候车亭已经不敷应用。有鉴于此，拿督于墨斋医生于10月27日助本校完成两项工程。一座长150尺 、宽 16 尺的学生候车亭扩充工程已经完成，并正式移交予谢查利董事长接收。同时也移交二年级课室走廊，面积273平方米的地台地砖工程。乐善好施的公善校友会署理主席李宜聪先生慷慨解囊，热心赞助学生候车亭地台扩充的费用。这长15尺，宽18尺的地台工程费用全由李宜聪校友承担。与此同时，Chan Electric Sdn Bhd, Putatan亦为候车亭添置大型风扇。如今环境比之前更宽敞、更舒适。

亚庇善导学校在迁校初期，已经为学校主要建筑物安装警铃系统，以确保学校财物的安全。之后在家教协会及董事会的合作下安装监视系统（CCTV）。2011年中，家教协会在校方的要求下增加64个监视系统镜头，覆盖学校各个主要角落，以确保学生的安全。

2012年，为了让同学们能够在更加舒适的环境下进行篮球活动，避免常常遭受日晒雨淋，拿督于墨斋医生、家教协会及公善校友会并肩联合，替篮球场增添蓬盖。这两座篮球场也成为目前学校的多用途活动中心之一，缓和了许多校内及校外活动在学校广场进行时，一年级班级遭受到诸多干扰而影响教学进度的问题。

由于兵南邦高速公路的开辟，邻近商店和住宅如雨后春笋，蓬勃发展，学校学生人数已高达1831名。每一年都有超过100多名一年级新生因课室不足因素而受拒门外。2013年，学校在新一届以黄俊卫先生为首的董事会成立后， 就积极和家教协会、公善校友会及学校行政人员召开会议，重组建校委员会，积极投入筹建新校舍的工作。经过一番努力，四层楼的新校舍通过公开招标、投标及决定承包商后， 正式在2013年五月杪把地盘交给承包商启动建校工程。建校委员会从三大机构成员中委任成立了一个六人小组， 并每个星期召开开会以确保建校工程得以监督。新校舍衔接现有的课室，底层为宽敞的第二间食堂，亦是四间一年级的课室。二楼及三楼有16间课室，把现有的每班学生人数拆散，减少每班的学生人数，提升老师的教学效果，给予学生更舒适的学习环境。

第四楼多数为活动室，其中有舞蹈室、会议室、多媒体教室、科学室、音乐室及外宾宿舍等。四层楼旁的斜坡还设立了一幅全长85米的防土墙。新校舍的计划一再受到某种因素的影响，一再拖延，原本是240万令吉的新校舍，暴涨至420万令吉。自从董事会改组，配合家教协会、公善校友、学校的老师、家长及社会热心华教人士鼎力支持，尤其是在课室命名运动期间反应热烈，这一栋四层楼的新校舍才能顺利完成。

校友杨振良上议员之父亲杨仁华先生赞助新校舍工程30万令吉，因此该校舍大楼以“杨仁华大楼”命名。此座耗资420余万的新校舍累积了家长捐献的新春红包，各项学校筹款运动再加上州政府拨款25万令吉，联邦政府再拨款50万令吉, 截至2014尚欠约200万建筑费。根据合约原本预计2014年 年杪竣工的工程无法如期建竣，承包商要求延期至2015年5月杪，最后新校舍于8月落成并在2015年12月31日取得入伙证。第二期建校委员会在黄俊卫董事长 领导下， 2015年杪把现有办公室后方的临时课室，装修为教师办公室并增添校舍的设备。

四层楼新校舍在2016年正式启用后，经谭永福助理教育总监协助下，学校增加十三班，老师也增加了十一名。扩建老师办公室及设备费用共耗

RM 435781.70。2016年年杪，在黄俊卫董事长的带领，亚庇中国领事馆的安排，云南侨办的赞助，本校16名舞蹈团成员成功到中国云南省蒙自市参加“艺游彩云南”舞蹈培训班。

2017年新学年开始，新增设的食堂B正式投入运作。由于本校学生人数日益增加，新食堂的启用能够舒缓休息课时食堂的人满之患，也避免学生过多而造成拥挤。如今学生能在宽敞及舒适的环境用餐，同时新食堂的增设也让学生能有更多的选择。2017年3月，家教协会及公善校友会为善导添购了新器材，包括置于篮球场的音响系统、篮球赛电子计分板，改善了学校举办活动的工作效果。2017年年杪，家教协会为篮球场的临时课室，装修成乒乓室与军鼓乐队课室。工程耗资 24万余令吉。同时YB邱庆洲博士也从州议员基金拨款为新食堂旁建设一座停车场自动道闸门。

由于第二期四层楼新校舍设备已经完善，第二期建校委员会在拿督黄士交总主教的宣布之下，正式在 2017年10月28日解散。

2018年2月12日，州首长署特别事务部长拿督斯里邦里玛张志刚局绅为第二期新校舍主持开幕典礼。杰出校友杨振良上议员，以其父之名为四层楼新校舍命名“杨仁华大楼”，此外尚有晋安公司东主吴文发先生为新食堂命名、海博威集团总裁陈志辉先生为特别课室铺地砖及安装冷气、热心家长潘伟明为走廊铺地砖、AWALSA老板朱悦銘先生免费铺泊车场、YB拿督于墨斋医生为校外泊车场建设太阳能灯光、篮球场增添遮阴板兼广告板。晋安有限公司吴文发先生为活动中心捐献两把大型风扇、董事会也为四层楼特别课室安装橱柜、投影机、音响设备等。海博威集团总裁陈志辉拨款改善及增添学校闭路视屏系统。目前学校的高清闭路视屏镜头有 150多个，以确保学生的安全。

如今新校舍的内部设备已经完善，这都有赖于大家的无私贡献和付出，完成建设四层楼新校舍的使命，成就了今日的善导小学，让善导莘莘学子有机会在更舒适的环境中求学。善导小学能日益茁壮成长，这都归功于善导小学董事会、家教协会、公善校友会和校方合作无间。除此之外，本校也获得各界人士的鼎力支持，使善小的发展更上一层楼。

2018年9月17日，掌校了21年之久的吴德成校长荣休。张文君校长由原本的雅导小学升职调派至本校。

2019年7月26日，十大义演成功为本校筹获50万令吉的教学设备基金。这项活动由马来西亚Carlsberg集团赞助主办、善导小学家教协会承办、星洲日报为指定媒体。家教协会将活动所筹到的款项移交给董事部安装学校的电子白板。董事部于年底前完成了安装电子白板的任务，让4、5和6年级的学生于2020年一月份开学就可以亲身体验智能化教学模式。

2020年，董事部于学校正门入口处增设保安亭，以方便保安人员进行安检。配合新常态， 董事部也在行动管制令后的首个复课日为校园增添三台人脸识别体温检测仪及多个洗手盆，以确保学生在新常态下时刻监测体温及勤洗手以保持干净。同年，董事部在大厅前两侧的人行道新增设遮雨棚。

2020年，张文君校长调职回到亚庇雅导小学担任校长，刘扬钦校长则由吧巴华仁小学升迁本校。

2021年2月18日，路阳州议员冯晋哲于为亚庇善导小学校园内安排重新铺路，更提升了校园内的基本设施。同年，董事部在食堂B新增设遮雨棚。2021年5月，董事部将一年级课室后方走道的沟渠铁盖以洋灰取而代之，作进一步提升。董事部也将办公室旁的两座原本木制奖杯柜换成全新铁制的奖杯玻璃展示橱窗，以达到美观及耐用的效果。

由于2020年至2022年疫情关系造成安装电子白板的任务被迫暂停。直到2023年2月21日董事部开始重启安排正式安装电子白板的任务，让1、2和3年级的学生于2023年3月20日新学年开学就可以体验智能化教学模式。开学前，在3月14日董事部也安排了一场讲解电子白板使用简介的讲座给老师们，让老师们都能做好开学的准备。